徐敷奏对王业泰感激涕零，对王业泰接下来的动作自然全盘支持。而有了徐敷奏的支持，王业泰设立管理机构的举措再无任何阻碍。
经过仔细考虑之后，王业泰宣布在平辽总兵府下设立军械司、库大使、典农司、海务司、商务司等机构职位。
军械司顾名思义，负责全军一应军械维修管理制造事务。兵精粮足方能作战，军械司的作用不可谓不重要。王业泰任命陈玉阶为军械司主事，主管全军军械事宜。
陈玉阶原是工部军器局大使，正九品的文官，因得罪上司被发配到了旅顺军中听用，而徐敷奏陈有时等对陈玉阶这个犯官也并不重视，在这里陈玉阶过得一直不如意。王业泰知道陈玉阶的身份之后，派人把他找来聊过一次，发现陈玉阶对军械特别是火器方面的造诣很深，便决定把军械这一块交给他，旅顺城内工匠有一百多，这些工匠统归军械司管理，不仅负责军械打制维修，还要负责各种民用器具的制作。
库大使负责管理全军粮食以及各种物质的仓库，责任十分重大，经过慎重考虑之后，王业泰让心腹管事葛洪兼职库大使，负责管理全军一应物资。
典农司则负责农事，虽然旅顺所在的辽南半岛山地多平地少，但还是有些地方可以种植些粮食的。旅顺孤悬海外，粮食各种物质供应全靠朝廷，而要想发展壮大必须有自给自足的能力。辽南半岛现在荒无人烟，原有的土地全部荒芜，这些土地开垦一下还是能产些粮食弥补军需的。
而旅顺城中有好多老弱男丁和青壮妇女，这些人打仗不行，用以种田起码能够自己养活自己。经过考虑之后，王业泰便设立典农司，任命当过里长的常有田为主事，负责带领部分老弱进行耕种，现在已经进入春天，正好可以开垦播种，旅顺城外平地虽然不多，但全部开垦的话也有几千亩田地，一年至少能够产几千担粮食。王业泰已经下令军械司打制犁铧锄头各种农具，并派人往山东购买耕牛。
海务司顾名思义则和大海有关，旅顺三面都是大海，海中的各种资源丰富无比，海盐，海鱼，利用好的话光是大海养活数十万军民全无任何问题。毛文龙时的东江军如此困顿，就是身在宝山而不自知，不知道利用大海的缘故。
海务司的任务有两个，一是制盐，再就是打鱼。辽南海岸蜿蜒曲折，可以开辟出大量的盐田。当然，对现在的大明来说，最大的盐场还是在两淮，采用的却多是落后的煮盐工艺，所以盐民又称灶户。旅顺既然临海，为何不能制盐？采用晒盐法，只要开始挖好盐田，根本不需要太多人手，年产数十万斤海盐还是没有问题的。至于晒盐工艺，并不是多复杂，王业泰自然知道，而山东沿海也有好些盐场现在采用晒盐工艺。
海盐可以自己食用，多余的可以贩卖换取钱粮。而大海中除了盐以外，更是有着无穷无尽的鱼类资源。渤海是浅海，海中鱼类资源丰富无比，只要有人有船，光是打鱼养活旅顺这数千人便不成问题。
在王业泰的规划中，海务司将会是总兵府下辖最大一个部门，也是总兵府最重要的一个部门，而海务司主事的人选暂时由葛洪的副手，同样出身于新建伯府的王庆担任。王庆虽然才二十多岁，但却在伯爵府开设的商铺中当了近十年伙计并且已经出师，能写会算可塑性很强。其伯爵府家生子的身份，更让王业泰用着放心。
而商务司顾名思义负责经商事宜，负责和各地的商人联系，卖掉旅顺的特产，从各地换来各种旅顺急缺的物质。不过目前旅顺各项事务还未步上正规，也不需要什么贸易，所以商务司暂时还在筹划中，其主事赵直现在作为王庆的副手在海务司帮忙。